معهد الهقار متخصص في البحوث حول البلدان المغاربية، مهمته المساهمة في تعميق الفهم للمشاكل المتعددة التي تواجهها الشعوب المغاربية وكذا التعريف بجهودهم وأفكارهم من أجل تحسين أوضاعهم.

كما يقوم معهد الهقار بنشر وتوزيع كتب ذات نوعية عالية وجذابة وفي متناول الجميع. إضافة إلى ذلك ينظم معهد الهقار دورات دراسية ومنتديات من أجل تنقل وتبادل الأفكار